महेश भट्ट ने अपने बचपन और माता-पिता के रिश्ते के बारे में कई बार खुलकर बात की है। उनके अनुसार, उनका जन्म 20 सितंबर 1948 को हुआ था। उनके पिता नानाभाई भट्ट हिंदू थे, जबकि उनकी मां शिरीन मोहम्मद अली शिया मुस्लिम थीं।
दोनों के बीच प्रेम संबंध था, लेकिन उस समय उनकी शादी नहीं हुई थी। महेश ने 2003 में द टाइम्स ऑफ इंडिया से बातचीत में खुद को “love child” बताया था।महेश के मुताबिक, बचपन में उन्हें पिता की गैरमौजूदगी महसूस होती थी।
उनके पिता की पहले से एक शादीशुदा जिंदगी थी और महेश अपनी मां के साथ रहते थे। बाद में उन्होंने बताया कि उनकी मां को मुस्लिम पहचान छिपाकर हिंदू बहुल इलाके में रहना पड़ता था।महेश ने यह भी बताया कि बचपन में लोग उन्हें “” कहकर ताना देते थे। इसी दर्द ने उनके व्यक्तित्व और फिल्मों पर भी गहरा असर डाला।
उनके बचपन की कहानी से प्रेरित फिल्म ‘जख्म’ (1998) में पूजा भट्ट ने उनकी मां से प्रेरित किरदार निभाया था।यह कहानी सिर्फ पहचान की नहीं, बल्कि एक ऐसे बच्चे के बचपन की है जिसने परिवार, धर्म और समाज से जुड़े सवालों के बीच अपनी पहचान बनाई।